一项荟萃分析通过总结7个前瞻性研究的结果提示，腹腔镜下剔除卵巢内异囊肿后，患者的AMH水平在术后3～6个月显著下降。手术的不利影响高于囊肿本身，且这种影响在双侧卵巢异位囊肿剔除病例中尤其显著。
对于单侧发病患者，对侧正常的卵巢可能部分、甚至全部代偿性患侧卵巢术后的功能。

然而双侧卵巢囊肿剔除术后的患者，不仅绝经年龄提前，且有出现卵巢功能低下的风险，IVF孕育更易出现卵巢反应不良和妊娠率降低。
对于复发的卵巢异位囊肿，再次手术是“雪上加霜”。
对于复发卵巢异位囊肿的不孕患者，不建议再次手术，辅助生殖技术孕育是最佳选择。

对于首次发现的卵巢异位囊肿，手术不是常规要求，需要综合考虑患者的年龄，卵巢的功能现状，生育的迫切性，合并的其它不孕因素等，进行个体化治疗。

当患者症状严重、囊肿体积较大影响取卵、囊肿快速增大可疑恶性，仍建议先行腹腔镜手术。